Medisinsk mikrobiologi

​Revidert versjon godkjent 25.03.2022 av Ellen H. Pettersen, direktør medisin og helsefag.​

​​​

Gjennom​føringsplan for spesialistutdanning i medisinsk mikrobiologi

Før sentral rotasjon skal alle læringsmål i Felles kompetansemål være oppnådd og kandidaten s​​kal ha tilegnet seg de læringsmål som kan oppnås lokalt. 

Gjennomfø​​ringsplan

Fase 1: 24 månede​​r innen fagområdet bakteriologi

• Helseforetak: Sykehuset Innlandet
• Sykehus: Lillehammer
• Avdeling/lærested: Medisinsk mikrobiologi
• Læringsmål: 1 - 17, 19 - 22, 29 - 47, 58 - 73, 87 - 92 og 93 - 114
  

Fase 2: 6 månede​​r innen fagområdet serologi

• Helseforetak: Sykehuset Innlandet
• Sykehus: Lillehammer
• Avdeling/lærested: Medisinsk mikrobiologi
• Læringsmål: 23 - 28 og 48 - 50
  

Fase 3: 6 til 12 måneder innen fagområdet molekylær biologi, sykehushygiene og smittevern, admi​​nistrasjon og ledelse, samt kvalitetssikring

• Helseforetak: Sykehuset Innlandet
• Sykehus: Lillehammer
• Avdeling/lærested: Medisinsk mikrobiologi
• Læringsmål: 48 - 57, 74 - 86, 115 - 126 og 135​
  

Fase 4: 12 måned​​er innen klinisk​ tjeneste

• Helseforetak: Sykehuset Innlandet
• Sykehus: -
• Avdeling/lærested: Se eget avsnitt under "Andre avdelinger i Sykehuset Innlandet"​
  
• Læringsmål: 127 - 134
  

Fase 5: 6 til 12 må​neder innen spesialiteten mikrobiologi

• Helseforetak: Oslo universitetssykehus
• Sykehus: -
• Avdeling/lærested: Mikrobiologi
• Læringsmål: Følgende som ikke eller kun delvis kan oppnås i Sykehuset Innlandet: 18, 46, 52, 62, 66, 98 og 103

Beskrivelse av medisin​​sk mikrobiologi

Mikrobiologisk avdeling er den eneste med mikrobiologisk kompetanse i Sykehuset Innlandet, og diagnostikken dekker et bredt repertoar innen bakteriologisk diagnostikk, molekylærbiologisk diagnostikk og infeksjonsserologi for sykehusene i Lillehammer, Gjøvik, Hamar, Elverum og Tynset, samt andre helseinstitusjoner i Oppland og Hedmark, og for primærhelsetjenesten i Innlandsområdet. 

Sykehuset i Lillehammer har egen infeksjonspost med spesialister i infeksjonsmedisin; andre sykehus (Gjøvik, Hamar) har også spesialister i infeksjonsmedisin. Mikrobiologisk avdeling mottar prøver fra de fem somatiske sykehusene (fram til 1.februar 2019 var det seks somatiske sykehus) i helseforetaket. I tillegg mottas en stor andel av prøver fra primærhelsetjenesten i opptaksområdet (337 000 innbyggere). 

I 2018 utførte avdelingen 250 000 analyser på inneliggende pasienter, 57 000 analyser fra intern poliklinikk og 240 000 analyser fra primærhelsetjenesten.

Laboratoriet har tett samarbeid med infeksjonsenheten og infeksjonsmedisinere, samt hygienesykepleierne i Sykehuset Innlandet.

Funksjons- og oppgavefordelin​​g innen spesialiteten

Avdelingen har som regel 3 overleger og 1 til 3 leger i spesialisering. En av de fast tilsatte overlegene har doktorgrad. Mikrobiologisk avdeling har for tiden tre fast tilsatte overleger, med arbeidstid 100 prosent for to av overlegene og 50 prosent for den tredje. En LIS 3 er i sitt andre år, og to LIS 3 er helt i starten av første år.

Mikrobiologisk avdeling er en avdeling i divisjon Medisinsk service som også har medisinsk biokjemi, blodbank, patologi og medisinsk teknikk og behandlingshjelpemidler. Avdeling har omlag 40 ansatte. ​

Organisering av det da​​glige arbeidet/viktigste oppgaver

Det settes opp rotasjonsplan for å betjene den daglige diagnostikk. Per i dag deles denne i generell bakteriologi, blodkultur og serologi/molekylærbiologi. Leger i spesialisering skal delta i den daglige rutine. De skal også ha tilstrekkelig «benketjeneste» innen bakteriologi med avlesning av bakteriologiske prøver sammen med bioingeniør og etterarbeid. «Benketjeneste» gjennomføres i løpet av tjenestetiden for bakteriologi (vanligvis år 1-2). Sjekkliste for medisinsk mikrobiologi beskriver omfang av «benketjeneste». Leger i spesialisering skal gjennomføre de obligatoriske kurs og ha fordypningstid.

Nytilsatte leger vil få en 12 ukers systematisk gjennomgang av avdelingens fagområder. Denne planen innbefatter en fellesuke substrat (medieproduksjon) og utsåing, en uke urin/MALDI-ToF/VITEK 2, en uke blodkultur, fire uker bakteriologi (fordelt på polikliniske og inneliggende prøver, luftveier, MRSA-, VRE- og ESBL-screening), to uker serologi, en uke molekylærbiologi, en uke fæcesdiagnostikk og en uke parasittologi-/sopp- og mykobakteriediagnostikk. Denne perioden skal tjene som en generell introduksjon til avdelingens diagnostikk og faget generelt. Det skal videre i denne perioden gjennomgås prosedyrer i elektronisk kvalitetshåndbok (Kvalitetsportalen) og nyttige kilder til oppdatert mikrobiologisk kunnskap, slik som strategimøterapporter og ringtester.

Kandidaten vil deretter bli satt inn i vanlig rutinevirksomhet under supervisjon, og vil gjennom dette få innblikk i og praktisk erfaring med alle typer arbeidsoppgaver som utføres ved laboratoriet. Alle typer undersøkelser diskuteres. Utvalgte kasus og problemstillinger trekkes frem på møter ved hvert fagområde og i LIS-undervisning. I den løpende opplæringen skal «Sjekkliste for medisinsk mikrobiologi» brukes aktivt. Leder og utdanningsutvalget skal tilse at temaer i listen nedenfor dekkes over et tidsrom som svarer til utdanningsperioden for den enkelte LIS. Ytterligere detaljer er beskrevet i læringsmål og i tabell ovenfor når det gjelder tidsperiode for avvikling av læringsmål.

I appendix gis en oversikt over hovedpunkter i utdanningsløpet relatert til tidsplanen for tjeneste i avdelingen og ny sjekkliste for spesialistutdanning i medisinsk mikrobiolog. 

Vaktordnin​​g

Det er ingen vakt ved Mikrobiologisk avdel​ing. Uformell ordning om at overleger kan kontaktes på telefon utenom vanlig arbeidstid. I ordinær arbeidstid har legene en vakttelefon. LIS deltar i betjening av vakttelefon på dagtid.​

Samarbei​​dende avdelinger i Sykehuset Innlandet

Smittevern og hygienesykepleiere -delta i de daglige gjøremålene til hygienesykepleiere og smittevernlege. Delta i undervisning med sykepleiere på sykehuset og i kommuner, og hvis mulig betjene smittevernets vakttelefon for å ta stilling til smittevernspørsmål, omvisning på sterilsentral, sentraloperasjon, TB-koordinator og bedriftshelsetjenesten. 

LIS er medlem av fagråd smittevern som er en bredt sammensatt gruppe for å ivareta smittevern med representanter fra alle sykehusene i Sykehuset Innlandet, hygienesykepleiere, tb-koordinatorer, infeksjonsmedisinere, en mikrobiolog samt enkelte kliniske spesialiteter. Faggruppen har blant annet jobbet med felles prosedyre for screening MRSA, ESBL, VRE i Sykehuset Innlandet.​

I tillegg deltar minst en mikrobiolog i sentralt Antibiotika-team og på fellesmøter med de lokale A-teamene. Oppgaver mikrobiologisk avdeling bidrar med er årlig Resistensrapport for Sykehuset Innlandet og undervisning innenfor relevante temaer. 

Avdeling for medisinsk mikrobiologi må kontakte smittevernet i god tid før tjenesten skal avvikles.

Oslo universitetssykehus for læ​​ringsmål

Det er primært samarbeid med Oslo universitetssykehus når det gjelder behov for den del av utdanningen som ikke gis på Lillehammer. Det legges opp til ett års tjeneste i LIS-utdanningen ved Oslo universitetssykehus, Mikrobiologisk avdeling. Dette skal dekke læringsmål som helt eller delvis ikke kan gis ved Mikrobiologisk avdeling i Sykehuset Innlandet.​

Andre avdelinger i Sykehuset Innlandet

Det er samarbeid med Medisinsk avdeling i Sykehuset Innlandet for «sideutdanning» i medisinsk mikrobiologi. Det er ønskelig at «sideutdanning» gjennomføres ved infeksjonspost. 

Klinisk tjeneste i sykehus i minimum 12 måneder kan avtjenes i sin helhet ved enten generell indremedisinsk avdeling, ren infeksjonsavdeling/-post eller en barneavdeling, eller en kombinasjon av disse. Inntil 6 måneder av denne tjenesten kan erstattes av tjeneste innen følgende spesialiteter/fagfelt: 

• Generell kirurgi og gastrokirurgi
• Ortopedisk kirurgi
• Øre-nese-hals​
  

Det er også samarbeid med medisinske avdelinger i Sykehuset Innlandet om sideutdanning for infeksjonsmedisin (krav til mikrobiologisk tjeneste/læringsmål for godkjenning i spesialiteten Infeksjonssykdommer).

Avdelingen disponerer to kontorer i 3. etasje som er lokalisert nær laboratoriet. For tiden deles ett av disse mellom to leger. I tillegg har er det en plass for LIS i 2. etasje – denne deler da kontor med LIS fra andre laboratoriefag. Totalt gir dette en kapasitet på fire kontorplasser som dekker det antall legestillinger som laboratoriet har budsjett for. Dagens situasjon er tilfredsstillende, bortsett fra ønske om kontorplass for LIS nærmere laboratoriediagnostikken og mer skjermet i forhold til stadig behov for å kunne ringe ut svar. I praksis er dette løst ved å være fleksibel, slik at LIS som deltar i rutinediagnostikk bruker kontorplass i 3. etasje om mulig. ​​

Internunde​​rvisning/felles undervisning med andre

Det vil bli utarbeidet en plan for internundervisning. Det vil bli lagt opp til to timers strukturert undervisning per uke. Hver undervisningstime er normalt på 45 minutter, tilsammen 90 minutter i uken. Vanligvis vil undervisningen være fordelt på spesialister og LIS-leger, slik at man får en god kombinasjon av egen deltakelse, litteratursøk og presentasjon på den ene siden, og veiledning av spesialist på den andre siden. Minst én av overlegene skal være til stede ved hver internundervisning. Det forventes dermed både deltakelse og egenaktivitet fra kandidatens side for gjennomføring av undervisningsprogrammet. Det vil være teoretiske foredrag, kasuistikker og diskusjoner.

Nasjonalt organisert nettundervisning innen medisinsk mikrobiologi og infeksjonsmedisin inngår som en del av totalundervisningen. Kandidatene fører logg over deltagelse i undervisningen.

​Utdanningskandidaten vil få permisjon med lønn for å delta i de obligatoriske kurs utdannelsen forutsetter. Kandidaten vil også bli oppmuntret til å delta i nasjonale og internasjonale fagkongresser, og kan etter søknad få økonomisk støtte til dette.

Forskning ved ​​mikrobiologi​sk avdeling

En av overlegene ​​ved avdelingen har doktorgrad. Minst en overlege i avdelingen er involvert i forskningsprosjekter. Alle LIS som ønsker det, blir stimulert til/får mulighet til å utføre forsknings-/utviklingsoppgaver. For eksempel i 2022 er LIS med praktisk og teoretisk i prosjekt som handler om metagenomisk DNA sekvenserings metodikk, med formål at påvise mikrober i pasientprøver. 

Avdelingen deltar i ulike nasjonale fellesprosjekter innen bakteriologi og resistensbestemmelse.​ 

Deltakelse på tverrfagl​​​​​​​ige møter

Det tilstrebes faglige møte med andre avdelinger med spesiell interesse for infeksjonsmedisin slik s​​​​​om Infeksjonsmedisinsk post på Lillehammer, Infeksjonsmedisinere på alle sykehus i Sykehuset Innlandet, barneavdelinger, intensivavdelinger, ortopediske avdelinger og smittevern.​

Felles kompetansemål

De første tre årene av spesialiseringen settes det av tid til læringsaktiviteter for oppnåelse av læringsmål fra «Felles kompetanse mål»-(FKM)-modulen. 

Deler av gruppeveiledning vil foregå sammen med LIS i andre laboratoriefag – medisinsk biokjemi, immunologi/transfusjonsmedisin og patologi og i gruppeveiledning på tvers av spesialiteter. 

​​​

​​​Appe​n​dix

Ledelse (Sje​kkliste​​ns kap. 1), år 2,5-3

• Kandidaten deltar i en periode ved seksjonsledermøtene, der praktiske forhold ved daglig drift behandles)
  
• Viktige tema omkring budsjett, regnskap, produksjon, strategisk planlegging på foretaksnivå, klinikknivå og avdelingsnivå bibringes av avdelingssjef til seksjonsledere og avdelingsoverlegene.

Kvalitetssikring (Sjek​klistens kap. 2), år 2,5-3

• Gjennomgang av og deltagelse i alle elementer ved kvalitetssikringsarbeidet som er nødvendig for akkreditering av laboratorier. Det vil bli lagt særlig vekt på evaluering og validering av metoder, skriving av metoder og løpende kvalitetskontroll av analyser.
• Praktisk bruk av elektronisk dokumentstyringssystem og avvikshåndtering.
• Deltakelse i utførelse av sammenlignende laboratorieprøvinger (SLP).
• Undervisning og praktisk bruk av databaser (MICLIS, CGM Analytix, Synergi, Excel).
• Undervisning i statistikk. Bruk av statistisk programvare.​
  

Medisinsk vurderi​​ng (Sjekklistens kap. 3), år 1-3

• Vurdering av innkomne rekvisisjoner, og vurdering av analysefunn med kommentering, inngår som en del av den basale opplæringen ved de ulike arbeidsoperasjoner.
• Direkte kommunikasjon med rekvirent er en del av dette, spesielt med tanke på resultater som krever telefonsvar. Skriftlig kommunikasjon (kommentarer til prøvesvar, laboratoriehåndbok og infoskriv/LabSIa).
  

Medie- og reagenspro​duksjon (Sjekklistens kap. 4), år 1-2

• Informasjon og demonstrasjon av medieproduksjon og innblikk i tekniske, kjemiske og biokjemiske forhold knyttet til dette, samt kontrollrutiner.
• Innblikk i grunnlaget for valg av ulike medier til diagnostisk bruk.
• Innblikk i stoffkartotek og risikovurdering ved bruk av ulike stoffer.
  

Preanalytiske forhold (​Sjekklist​ens kap. 5), år 1-2

• Gjennomgang av valg av relevant prøvemateriale, prøvetakingsrutiner, emballasje, oppbevaring og forsendelse av prøver til mikrobiologisk analyse.
  

Generell metodikk (Sjekklis​tens kap. 6), år 1-3

• Opplæring i praktisk bruk av lysmikroskop og fluorescensmikroskop. Teori.
• Gjennomgang av ulike metoder for påvisning av infeksiøse agens og immunrepons mot disse.
• Mikroskopi: De metoder som er nevnt anvendes ved enhetene.
• Direkte agenspåvisning/immunologiske metoder: Praktisk gjennomføring av ulike metoder som f.eks. agglutinasjon og EIA.
  
• Genbaserte metoder: Opplæring i genamplifiseringsmetoder, som f.eks. PCR kvalitativ og kvantitativ (realtids-PCR).
  

Agensrelatert meto​dikk (Sjekklistens kap. 7)

Bakteriologi, år 1-2

• Valg av medier og utsåingsbetingelser, utsåing kvalitativt og kvantitativt.
• Isolering og identifisering av bakterieisolater.
• Valg av metode for videre identifikasjon.
  
• Vurdering og tolkning av funn.
• Skal inkludere den tid til benketjeneste som fremgår av utdanningskrav (sjekklisten) som inkluderer praktisk innføring i avlesning og etterarbeid.

Virologi og infeksjonsserologi, år​ 2-2,5

• Virus-diagnostikk: Serologi for Hepatitt-, HIV, CMV, EBV, Parvovirus, rubella og flere. Utførelse og prinsipp for analysene. Hovedvekt på indikasjon, vurdering og tolkning. Sammenheng med bruk av andre metoder.
• Bakterie/parasitt-serologi slik som IGRA TB, borrelia, AntiDNase B, AST, Toxoplasma og flere og sammenheng med andre metoder.
• Praktisk og teoretisk opplæring vedrørende utførelse av serologiske analyser og tolkning av funn.
• Teoretisk gjennomgang av aktuelle ulike sykdommer for serologisk diagnose for bakteriesykdommer, virussykdommer og parasittologi.

Molekylærbiologisk diagnostikk, år 2,5-3

• PCR. Utførelse og prinsipp for analysene. Hovedvekt på indikasjoner, vurdering og tolkning ved påvisning av ulike smittestoff.
• Chlamydia trachomatis- og gonoré-diagnostikk med genamplifiseringsmetodikk, samt sammenheng med bruk av andre metoder (dyrkning, mikroskopi) og supplerende analyser ved referanselab.
• Luftveis-PCR og Feces-PCR og andre samt sammenheng med andre metoder (dyrkning).
• Molekylærdiagnostiske prinsipper og anvendelse av hurtigtester og PNA.

Mykologi, år 1-2

• Mikroskopi fra prøvemateriale og kultur: Praksis og teori.
• Dyrking og identifikasjon og vurdering av funn: Gjærsopp og muggsopp.
• PCR-basert diagnostikk (dermatofytter) og sammenheng med andre metoder.

Parasittologi, år 1-2

• Mikroskopi av feces. Metode, prinsipp, identifikasjon og vurdering og sammenheng med andre metoder (PCR-basert diagnostikk). Makroskopisk vurdering av innsendt materiale.​

Antibiotika (Sjekklistens kap. 8)​​, år 1-2

• Antimikrobielle midler og resistensbestemmelse: Teoretisk gjennomgang i virkningsmekanismer og interferens, samt ulike analysemetoder for resistensbestemmelse.
• Bruk av antibiotika. Veiledning for leger. Bruk av antibiotikaveileder for sykehus og primærhelsetjenesten.
  
• Teoretisk gjennomgang av antibiotikakonsentrasjonsmåling i kroppsvæsker, og hvordan dette brukes ved administrering av antibiotika.
  

Genteknologiske me​toder (Sjekklistens kap. 9), år 2,5-3

• Se generell og agensrelatert metodikk.
  

​Sykehushygiene og smittevern (Sjekklistens kap. 10), år​ 2,5-3

• Infeksjonsepidemiologi: Gjennomgang av smittekilder, smittemåter og smitteveier.
• Utbruddsoppklaring: Gjennomgang av ulike metoder.
• Teoretisk og praktisk opplæring innen steriliserings- og desinfeksjonsprosedyrer. Her vil også smittevernenheten/hygienesykepleier trekkes inn.
• Nosokomiale infeksjoner: Teori. Følge lege med ansvar for sykehushygiene og hygienesykepleier ved utførelse av prevalens- og insidensundersøkelser.
• Delta i møter med smittevernlege vedrørende spørsmål relatert til praktisk bruk av antibiotika og sykehushygiene.
• Deltakelse i visitter på intensivavdelingen, der antibiotikaspørsmål står sentralt.
• Delta på møter med smittevernenheten.
• Spesiell vekt skal legges på smittsomme agens og smittevern i laboratoriet. Inndeling og bruk av sikkerhetskrav til laboratorier. Bruk av sikkerhetskabinetter. Arbeidstilsynets forskrifter.
• Se også under avsnittet «Samarbeid med andre enheter: Smittevern»​.