Ved undersøkelsen sitter du i en gynekologstol og legen fører rektoskopet innover i endetarmen. For å få til dette blåser legen inn litt luft via en ballong som er festet til skopet. Ved innblåsingen av luft vil tarmen utvide seg foran skopet, og det blir enklere å føre det innover. Du vil oppleve litt press i endetarmen av dette.
Samtidig som rektoskopet trekkes ut undersøker legen slimhinnen og tarmveggen grundig. Legen vil ta prøver av slimhinnen med en biopsistang hvis han ser noe unormalt.